کارخانه جنگ بیولوژیک چانگچون و شعبات اقماری اش به دستور فرماندهی عالی ارتش کوانتونگ در طول روزهای پایانی جنگ نابود شدند. مانند پینگ فن، تمام ساختمان ها با مواد منفجره قوی منفجر شدند. برخی از تجهیزات گران قیمت، که حملشان سخت و طاقت فرسا بود، نیز نابود شدند. باقی تجهیزات و داده ها و مطالب تحقیقاتی تا جایی که قابل نجات دادن بود به ژاپن منتقل شد. واحد ۱۰۰ تا قبل از کشتن تمام زندانی ها، افراد مبتلا به پاتوژن ها و افراد سالم، چانگچون را ترک نکرد. هیچکس زنده نماند. کارگران چینی شاغل در کمپ نیز نابود شدند. به زندانی ها و کارمندان غیرنظامی سیانید پتاسیم تزریق شد. فقط یک مشت کارگر توانستند از آمپول هایی که به آن ها زده شده بود جان سالم به در ببرند. چند مرد خوش شانس توانستند از مراسم پتاسیم زنی بگریزند و زنده بمانند تا برخی از تجربیاتشان را به دیگران بگویند. لی گنده، یک راننده واگن، یکی از آن آدم های خوش شانس بود. در سال ۱۹۴۳ او به یک تبعه ژاپنی تعرض کرد و به ستاد واحد ۱۰۰ فرستاده شد. او به قدری بزرگ و قوی بود که مقامات تصمیم گرفتند که او را با آزمایشات نکشند و از بنیه قوی اش در کارهای مختلف استفاده کنند. در روزهای پرآشوب آخر، به لی دستور داده شد تا به بسته بندی تجهیزات و قرار دادن آن ها در کامیون ها کمک کند. یکی از کامیون ها در گل گیر کرد. به لی و چند چینی دیگر دستور داده شد تا کامیون را هل بدهند و از گل خارج کنند. بعد از این کار، آن ها گوشه ای پنهان شدند و فراموش شدند، تا اینکه فرایند تخلیه کمپ به پایان رسید. بعد آن ها از آنجا فرار کردند و آزاد شدند. بسیاری از حیوانات مورد استفاده در آزمایش ها معدوم شدند. تعدادی از آن ها را زنده نگه داشتند و برای اهداف شیطان به کار بردند. در ۲۰ آگوست ۱۹۴۵، مدت زیادی بعد از اینکه امپراتور هیروهیتو فرمان تسلیمش را صادر کرد، شش تن از اعضای واحد ۱۰۰ وارد یکی از اسطبل های اسب در ستاد مرکزی شدند. آن ها شصت اسب را با خوراندن جوی آلوده به میکروب مشمشه به این بیماری مبتلا کردند. سپس این شش مرد حصارهای پایگاه را باز کردند و اسب ها را به جهات مختلف هدایت کردند. همه اسب ها به روستاهای همجوار و جاده های مختلف رفتند. هم زمان با آزاد شدن اسب ها گله های موش ها از قفس هایشان رها شدند. برخی از موش ها به انواع پاتوژن ها از جمله طاعون مبتلا بودند. خیلی زود، محوطه بیست مایلی اطراف کارخانه مرگ سابق مملو از موش هایی شد که بسیاری از آن ها ناقل بیماری بودند. در سال های ۱۹۴۶، ۱۹۴۷ و ۱۹۵۱ چانگچون و اطرافش دچار همه گیری های طاعون، مشمشه و سیاه زخم شدند. میزان تلفات در آن زمان به طرزی استثنایی بالا بود چون بالا گرفتن جنگ داخلی در منطقه باعث شده بود تا مراکز درمانی نتوانند درست فعالیت کنند. تعداد تلفات بسیار زیاد بود و بخش هایی از چانگچون و شهرک های اطرافش تا اطراف دهه ۱۹۵۰ غیرقابل سکونت بودند. واکاماتسو و دامپزشک ها و دانشمندانش تأثیری دیرپا و دائمی را در پایتخت تازه امپراتوری منچوکو بر جای گذاشتند.