وقتی خبر تسخیر قلعه ی الموت به اصفهان می رسد چندان ایجاد ناراحتی نمی کند؛ زیرا توجه این شهر از آن پس بیشتر معطوف به اختلافی است که بین نظام الملک و دربار پیدا شده است و روزبه روز هم اوج می گیرد. ترکان خاتون گناه تجاوز به سرزمین خانواده اش را که نظام الملک باعث و بانی آن بوده نبخشوده و مرتباً به ملک شاه فشار می آورد تا بی درنگ شر آن وزیر قدرتمند را از سر خود بکند. او می گوید اگر سلطان در حین مرگ پدرش نیاز به قیّم داشته است امری کاملاً طبیعی بوده چون در آن هنگام هفده سال بیشتر از سنش نمی گذشته است، ولی امروز که ۳۵ سال دارد مردی کامل عیار است و دیگر لزومی ندارد که اداره ی همه ی امور مملکت را به دست اتابک بدهد. بنابراین، اکنون وقت آن رسیده است که مردم بدانند صاحب اختیار واقعی مملکت کیست! آیا واقعه ی سمرقند ثابت نکرده است که نظام الملک خواهان تحمیل اراده ی خود بوده، اربابش را فریب داده و با او در برابر چشم همه ی دنیا همچون با یک صغیر رفتار کرده است؟ اگر ملک شاه هنوز مردد است که قدمی در این راه بردارد حادثه ای پیش می آید که وی را به این کار وامی دارد. نظام الملک نوه ی خود را که جوانی پرمدعا و ازخودراضی و بیش ازحد متکی به قدرت مطلقه ی پدربزرگش است به حکومت مرو گماشته است. این جوان به خود اجازه می دهد که در ملاءعام به یکی از امرای کهنسال ترک دشنام بدهد و به او توهین کند. امیر اشک ریزان شکایت به ملک شاه آورده است و او که از این وضع برآشفته و ناراحت است فوراً دستور می دهد از قول وی نامه ای به این مضمون به نظام الملک بنویسند: «تو اگر دستیار منی باید مطیع امر من باشی و به کسانت قدغن کنی که به آدم های من جسارت کنند؛ و اگر خودت را هم شأن و هم طراز من می دانی و به گمانت در اعمال قدرت با من شریکی، ناگزیر باید تصمیم مقتضی اتخاذ کنم. نظام الملک به این نامه ی شاه که توسط هیئتی از رجال عالی مقام امپراتوری برایش فرستاده شده است جوابی به این شرح پیغام می دهد: به سلطان بگویید مگر تاکنون نمی دانسته است که من شریک او در اعمال قدرت هستم و اگر به کمک شخص من نبود او هرگز نمی توانست قدرت خود را پی بریزد؟! مگر فراموش کرده است که به هنگام مرگ پدرش من بودم که زمام امور مملکت را برای کمک به او به دست گرفتم، و من بودم که مدعیان دیگر تاج و تخت را از سر راهش به کنار زدم و همه ی شورشیان و یاغیان را سر جای خودشان نشاندم و اکنون نیز به سعی و همت من است که از این سر تا آن سر دنیا از او فرمان می برند و حرمتش می دارند؟! بروید به او بگویید: «آری، سرنوشت تاج و تخت او به دوات من وابسته است.» فرستادگان مات و متحیر مانده اند: «چگونه مردی به عقل و تدبیر نظام الملک به خود اجازه می دهد کلماتی در پیام به سلطان ادا کند که بی گمان به مغضوب شدنش و حتی احتمالاً به قتلش بینجامد؟! یعنی ممکن است جسارت و وقاحت او به حد جنون رسیده باشد؟!»