ماجرای مرشد و مارگریتا دقیقا داستان زندگی خود نویسنده است. داستان به صلیب کشیدن مسیح در زمان پونس پیلات، فرمانروای رُمی یهودا، آیینه ی تمام نمای دوران سیاه حکمرانی استالین و کشتارهای دسته جمعی مخالفان به ویژه هنرمندان، روشنفکران و دگراندیشان است. بولگاکف برای گریز از تیغ سانسور به این استعاره متوسل می شود. پای مسیح و پونس پیلات و کوردلان متعصب یهود را به میان می کشد. به میان کشیدن پای جادوگر سیاه و دستیارانش، یعنی شیطان و مریدانش، آمدنش به مسکو و به پاکردن آشوب های فراوانی که باعث کشتار، دستگیری و زندانی شدن افراد زیادی شد، در واقع نماد مکتب کمونیست است که هفتاد سال نیمی از دنیا را به خاک وخون کشید. عشق میان مرشد و مارگریتا هم در زندگی نویسنده پدید آمد، عشق در فضای رعب و وحشت با همه ی تلخکامی ها و شکنجه هایش. داستان با هم صحبتی و قدم زدن دو روشنفکر لاییک و رسمی در یکی از پارک های مسکو آغاز می شود: یکی میخاییل الکساندر، یا همان برلیوز نویسنده ای مشهور و سردبیر یکی از مجله های وزین ادبی پایتخت و رئیس کمیته مدیریت یکی از محافل ادبی مسکو و دیگری جوان شاعری به نام ایوان نیکولاییچ پونیریف که با نام مستعار بزدومنی شناخته می شود. برلیوز به نوعی نماینده روشنفکران رسمی و صاحب باند و باندبازی های ادبی است که محافل مافیایی ادبی راه می اندازند و اندیشه ای سطحی و تک بعدی دارند و دگراندیشان را مجال رشد و نمو و شکوفایی نمی دهند و تنها به آنان که مرید و سرسپرده شان باشند اجازه فعالیت می دهند و دیگران را زیر پا له می کنند، شعر و آثار سفارشی می پذیرند و شبکه ای تار عنکبوتی در تمام نشریات مهم و سرشناس تنیده اند. سایه این روشنفکران و نویسندگان رسمی بر تمام عرصه ادبی و محافل نویسندگی سنگینی می کند و نگاه تحمیلی شان در همه جا گسترده است. یکی از قربانیان این باندهای مافیایی، قهرمان این رمان یعنی مرشد است که در فصل های بعدی رمان ظاهر می شود و می بینیم که این حضرات ریش و سبیل دار چه بلایی به سر او با آن همه خلاقیت و عشق و شور آورده اند.