لیلی هارتمن دختر نوجوان سیزده ساله ای است که در یک مدرسه ی شبانه روزی در انگلستانِ عصر ویکتوریا زندگی می کند. او از مدرسه اش متنفر است چون مدرسه می خواهد دختران نوجوان را براساس معیارهای جامعه تربیت کند درحالی که لیلی دلش می خواهد زندگی سرشار از ماجراجویی را تجربه کند، کتاب های جنایی بخواند و آن طور که دلش می خواهد زندگی کند. پدر لیلی مخترع بزرگی است. او انواع آدم ها و ماشین های مکانیکی درست می کند که مانند انسان ها احساس دارند و حرف می زنند. بااین وجود او خودش را از همه پنهان کرده است. روزی پدر بر اثر سانحه ای ناپدید می شود و زندگی لیلی بعد از آن تغییر می کند. ابتدا از مدرسه اخراج می شود و همراه قیّمش مادام وردیگریس به خانه می رود ولی از آنجا فرار می کند سپس توسط مردانی که چشمانشان نقره ای است تعقیب می شود. در مسیر فرار لیلی با پسر ساعت سازی به نام رابرت و روباه مکانیکی پدرش که مالکین نام دارد مأموریت پیدا می کند که یک جعبه ی اسرارآمیز را از دست مردان چشم نقره ای در امان نگه دارد. آن ها به منزل پروفسور سیلورفیش دوست پدرش پناه می برند. لیلی حدس می زند که مهم ترین اختراع پدرش در این جعبه قرار دارد. او و رابرت و مالکین نهایت تلاششان را می کنند که جعبه به دست مردان چشم نقره ای نیفتد اما مردان چشم نقره ای جعبه را به دست می آورند و بدین گونه حقیقتی تلخ و عجیب برای لیلی آشکار می شود... قلب کوکی داستان هیجان انگیز، فانتزی، علمی-تخیلی و تاریخی است که بسیار زیبا و دل نشین روایت می شود. کتاب دنیایی را به تصویر می کشد که در آن آدم ها، آدم مکانیکی ها، ساعت ها و کشتی های هوایی در کنار هم قرار گرفته اند. دنیایی که خیر و شر درمقابل هم قرار دارند و مبارزه ای سخت بین آن ها در جریان است.