زندانی شدن باقرخان تنگستانی در سال ۱۲۷۵ ه.ق/ ۱۸۵۸ م. یعنی حدود دو سال پس از سپری شدن جنگ ایران و انگلیس «شاهزاده حسام السلطنه» به حکمرانی فارس و بنادر جنوب منصوب شد. وی از همان آغاز حکمرانی با مردم و بزرگان منطقه بنای بد سلوکی و بد رفتاری گذاشت و به طریق گوناگون مردم را مورد اذیت و آزار و شکنجه قرار داد. از جمله افرادی که مورد هجوم حسام السلطنه قرار گرفتند باقر خان تنگستانی بود. وی با سعایت «ملک التجار» بوشهری باقرخان را از اهرم به بوشهر احضار و آنگاه به بهانهٔ وجود اختلافات مالی و عدم پرداخت بموقع مالیات وی را دستگیر و زندانی نمود. از طرفی ناحیهٔ اهرم را نیز عنفا و به زور از او باز ستاند و ضابطی آنجا را به طایفهٔ پولادی سپرد. «محمدخان دشتی» حکمران خورموج و دشتی از خلاء قدرت در اهرم حداکثر استفاده را کرد و در سال ۱۲۷۵ ه.ق/ ۱۸۵۸ م. به اهرم لشکر کشید و این نواحی را به تصرف خود در آورد. حکومت او بر اهرم حدود یک سال به طول انجامید. سدیدالسلطنه در این باره می نویسد «در حکومت حسن خان در سنهٔ ۱۲۵۷ (ه.ق) یک سال اهرم در تصرف محمدخان دشتی ضابط دشتی افتاد و طومار نخلستان اهرم و خائیز را در آن سال زیاد کرده...» از گفتهٔ سدیدالسلطنه روشن می شود که پس از شهادت احمدخان تنگستانی در سال ۱۲۷۳ ه.ق باقرخان ضابطی اهرم را به فرزند کوچکترش حسن خان سپرده بود. در ایامی که باقر خان در زندان بوشهر بود حسام السلطنه از هرگونه اهانت و فشار به خاندان تنگستانی و باقر خان کوتاهی نکرد. وی همچنین مقرری و مواجب باقر خان و خانواده اش را نیز قطع و حتی پرداخت حقوق سالیانهٔ ورثهٔ شهید احمدخان تنگستانی را نیز متوقف کرد! میرزا جعفرخان حقایق نگار خورموجی در این باره می نویسد «... باقرخان تنگستانی با آن همه خدمات و جانفشانی که از اشتهار حاجت به اظهار نیست به سعایت ملک التجار بوشهر در همان بوشهر که محل جانفشانی و مقتل شهدای تنگستانی بود محبوس فرمود. قریهٔ اهرم که ملک موروثی و ابتیاعی باقرخان و سایر اهالی تنگستان است از ایشان انتزاع و به طایفهٔ دشتی که بین هما عداوت و بغضا سالها برقرار است واگذار نمود.» مورخان عصر قاجار از ادامهٔ ماجرا و بازداشت باقرخان تنگستانی و مدت بازداشت او چیزی ننوشته اند و لذا ما به درستی و به طور دقیق نمی دانیم که او چه هنگام و به چه طریقی از زندان بوشهر رهایی یافته است. البته این را می دانیم که پس از جنگ ۱۲۷۳ ه.ق/ ۱۸۵۶ م. باقرخان بسیاری از مسوولیت های خانی و حکمرانی تنگستان را به فرزندش حسن خان واگذار کرد. باقرخان باید در اواخر سال ۱۲۷۵ ه.ق / ۱۸۵۹ م. از زندان بوشهر رهایی یافته باشد.